m.quanpro.cn
極小種群野生植物保護與利用創(chuàng)新團隊成功解析茶果樟的全基因組
茶果樟(Cinnamomum chago B.S. Sun et H.L. Zhao)是受國家II級重點保護的極小種群野生植物，僅分布于云南省漾濞縣和云龍縣等地。茶果樟的果實被當?shù)厝朔Q為“茶果”，具有清熱明目功效，常炒熟后在市場上售賣，是深受當?shù)厝讼矏鄣摹皥怨?，有悠久的利用歷史。研究還顯示，茶果樟的果實含有大量月桂酸和癸酸，具有工業(yè)利用潛力;其樹形優(yōu)美，木材質(zhì)地堅硬、有香味，是極具開發(fā)前景的園林綠化和材用樹種。此外，《中國植物志》將中國樟屬植物分為樟組(Sect. Camphora)和肉桂組(Sect. Cinnamomum)，茶果樟形態(tài)、解剖和分子都介于樟組和肉桂組之間，其系統(tǒng)發(fā)育位置特殊，具有重要的科學研究價值。
近日，為開展茶果樟遺傳資源的精準保護和特色資源的發(fā)掘利用，依托中國科學院昆明植物研究所的云南省極小種群野生植物保護與利用創(chuàng)新團隊基于HiFi三代測序、全基因組和轉(zhuǎn)錄組ONT測序、Hi-C、二代全基因組和二代轉(zhuǎn)錄組測序等技術，對茶果樟進行了測序、組裝和注釋，獲得染色體水平高質(zhì)量全基因組。其基因組大小為1.06Gb，contig N50長度92.10Mb，約99.92%的組裝序列可以定位到12條染色體上(2n=24)，組裝結果僅1個gap，同時共注釋發(fā)現(xiàn)30497個基因，其中28681個基因為蛋白質(zhì)編碼基因。
基于本研究結果，團隊在國際期刊Scientific Data在線發(fā)表了題為 “Chromosome-level genome assembly of the threatened resource plant Cinnamomum chago”的研究論文，團隊博士研究生陶麗丹和郭世偉為共同第一作者，孫衛(wèi)邦研究員為論文的通訊作者。本研究獲得第二次青藏高原綜合科學考察研究項目(2019QZKK0502)、云南省野生動植物保護項目(2021SJ14X-10)和國家科技基礎資源調(diào)查專項項目(2017FY100100)的資助。
文章鏈接：
| 版權聲明： 1.依據(jù)《服務條款》，本網(wǎng)頁發(fā)布的原創(chuàng)作品，版權歸發(fā)布者（即注冊用戶）所有；本網(wǎng)頁發(fā)布的轉(zhuǎn)載作品，由發(fā)布者按照互聯(lián)網(wǎng)精神進行分享，遵守相關法律法規(guī)，無商業(yè)獲利行為，無版權糾紛。 2.本網(wǎng)頁是第三方信息存儲空間，阿酷公司是網(wǎng)絡服務提供者，服務對象為注冊用戶。該項服務免費，阿酷公司不向注冊用戶收取任何費用。 名稱：阿酷（北京）科技發(fā)展有限公司 聯(lián)系人：李女士，QQ468780427 網(wǎng)絡地址：www.arkoo.com 3.本網(wǎng)頁參與各方的所有行為，完全遵守《信息網(wǎng)絡傳播權保護條例》。如有侵權行為，請權利人通知阿酷公司，阿酷公司將根據(jù)本條例第二十二條規(guī)定刪除侵權作品。 |