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中國植物學家胡先骕先生于1963年命名發(fā)表，但是五十年來琴葉風吹楠的分類學位置一直有爭議。胡先骕同時發(fā)表提琴葉賀得木（Horsfieldia pandurifolia）和長序梗賀得木（Horsfieldia longipedunculata），1977年出版的《云南植物志》將兩種合并，名之琴葉風吹楠（Horsfieldia pandurifolia Hu）。 

據(jù)1979年出版的《中國植物志》記錄，琴葉風吹楠（Horsfieldia pandurifolia）于1975年被歸并入內(nèi)毛楠（Horsfieldia macrocoma），但是因為兩種的花序、果實及種子特征明顯不同而分開處理，后來中國國內(nèi)的諸多著作都沿用琴葉風吹楠（Horsfieldia pandurifolia）這個學名，并記為云南特有種。

1984年，德懷爾德（de Wilde）在審校風吹楠屬（Horsfieldia）植物時，將琴葉風吹楠（Horsfieldia pandurifolia）歸并入云南風吹楠（Horsfieldia prainii），再將云南風吹楠（Horsfieldiaprainii）作為亞種組合入內(nèi)毛楠（Horsfieldia macrocoma），然后將內(nèi)毛楠（Horsfieldia macrocoma）作為模式種建立一個新屬內(nèi)毛楠屬（Endocomia de Wilde），將琴葉風吹楠的學名變更為Endocomia macrocoma ssp. prainii。內(nèi)毛楠屬（Endocomia）得到國外學者的承認，而且他們從形態(tài)學和分子生物學方面進一步獲得了證據(jù)，證明內(nèi)毛楠屬（Endocomia）與風吹楠屬（Horsfieldia）的親緣關系較遠。

2003年，在《中國被子植物科屬綜論》一書中承認了Endocomia，譯為內(nèi)毛楠屬，對琴葉風吹楠（Horsfieldia pandurifolia）并入云南風吹楠（Endocomia macrocoma ssp. prainii）的處理未提出異議。2004年，葉脈認為內(nèi)毛楠屬（Endocomia）與風吹楠屬（Horsfieldia）兩屬的分類界限不明，取消了內(nèi)毛楠屬（Endocomia），恢復內(nèi)毛楠（Horsfieldia macrocoma）。 

在2008年出版的《Flora of China》中，取消了內(nèi)毛楠屬（Endocomia），將琴葉風吹楠的學名改為Horsfieldia prainii，名之“云南風吹楠”。

2012年并入內(nèi)毛楠（Endocomia macrocoma）作為在中國亞種分布，命名為云南內(nèi)毛楠（Endocomia macrocoma subsp. prainii (King) W.J.de Wilde）。