來自歐洲的病毒,跟中國本土有啥不一樣?
昨晚,北京市疾控中心新冠肺炎疫情防控專家組成員楊鵬研究員表示,通過全基因組測序發(fā)現(xiàn)病毒是從歐洲方向來的,初步判定與輸入性有關(guān)。

來自歐洲的,
跟中國本土有啥不一樣?
4月8日《美國國家科學(xué)院院刊》(PNAS)發(fā)表的《新冠病毒基因組系統(tǒng)進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)分析》研究團(tuán)隊(duì)繪制了一個(gè)由160個(gè)基本完整的SARS-Cov-2基因組組成的系統(tǒng)進(jìn)化網(wǎng)絡(luò),結(jié)果發(fā)現(xiàn)[1]:

美國和澳大利亞的患者主要感染的是A型病毒,在武漢居住的美國人中也發(fā)現(xiàn)了A的變異版本;
武漢甚至整個(gè)東亞地區(qū)主要流行的是B型病毒;
C型則主要集中于在法國、意大利、瑞典、英國等歐洲國家,在新加坡和韓國等地也有少量存在,在中國內(nèi)地并未找到。
推測這次北京新增的確診患者可能更傾向于C型,當(dāng)然并不排除新的亞型出現(xiàn)。
很明顯,新冠病毒已發(fā)生變異,且在不同國家傳播的新冠病毒亞型有所不同。
3月3日,《國家科學(xué)評(píng)論(National Science Review)》上發(fā)表的一篇有關(guān)新冠肺炎起源與進(jìn)化最新研究,根據(jù)基因序列的第28144位點(diǎn)的堿基種類,101株可被劃分入2個(gè)亞型:L型(第28144位點(diǎn)是T堿基,編碼亮氨酸,Leu)和S型(第28144位點(diǎn)是C堿基,編碼絲氨酸,Ser)[2]。
研究者對(duì)武漢患者的病毒株研究中發(fā)現(xiàn)96.3%是L型,而在武漢以外地區(qū)的病毒株中,L型占比為61.6%,L型似乎在武漢比S型更易流行(p=0.0004)。
2篇文章對(duì)新冠病毒的分類方式存在差異,然而并不阻礙我們對(duì)于病毒突變的探索。
那又是如何發(fā)現(xiàn)不同國家和地區(qū)新冠變異情況的呢?
簡而之,就是把新冠病毒的RNA完全暴露,看看哪個(gè)基因組突變了。
專業(yè)上來說是通過全基因測序,把物種細(xì)胞里面完整的基因組序列從第1個(gè)基因組開始一直到最后一個(gè)基因組,完完整整地檢測出來,并排列好,因此這個(gè)技術(shù)幾乎能夠鑒定出基因組上任何類型的突變[3]。
病毒的突變是未知的,尤其對(duì)于RNA病毒來說,因RNA本身結(jié)構(gòu)的不穩(wěn)定性,突變也是習(xí)以為常的事情,突變可使病毒毒性增強(qiáng),也可使其減弱。
此次北京新增的新冠肺炎患者在臨床特征上與之前的有什么不同,是否會(huì)傾向“歐洲方向”?
從6月11日至6月14日24時(shí),北京已確診79例新冠肺炎患者。除1例確診患者為重型,其余為輕型或普通型,尚在觀察的無癥狀感染者7例(8.7%)。
對(duì)比截至2020年2月11日中國內(nèi)地報(bào)告的72314例新冠患者的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn),此次新冠病毒總體癥狀偏向輕型、普通型,報(bào)告的無癥狀感染者較此前(889/72314,1.2%)增多,分析可能原因是新冠病毒的毒性有所減弱[4]。
在臨床癥狀方面,目前尚無相關(guān)報(bào)道或研究結(jié)論說明北京新增的新冠患者在臨床特征上有明顯的區(qū)分,主要以發(fā)熱、咳嗽、咽干、頭痛等癥狀首發(fā)。
此前,Journal of Internal Medicine上發(fā)表了歐洲輕度至中度新冠患者的臨床和流行病學(xué)特征,研究結(jié)論指出嗅覺喪失是輕度至中度COVID-19患者的關(guān)鍵癥狀,與鼻塞和鼻漏無關(guān),37.5%的治愈患者在疾病發(fā)生后至少7天仍持續(xù)聞不到氣味[5]。
然而在此次北京新增的確診病例中尚無報(bào)道嗅覺喪失的臨床癥狀,新冠病毒在嗅覺方面是否存在種族差異或我國對(duì)新冠確診患者的嗅覺是否進(jìn)行評(píng)估尚未知曉。
目前北京疫情防控措施進(jìn)展如何?
6月14日,按照“應(yīng)檢盡檢、愿檢盡檢”原則,全北京市核酸檢測機(jī)構(gòu)共檢測76499人,結(jié)果陽性59份,新發(fā)地市場周邊11個(gè)小區(qū)人員應(yīng)檢39491人,實(shí)際采樣已完成41510人,檢測6284人,檢測結(jié)果為陰性;14天內(nèi)出入新發(fā)地市場內(nèi)人員,累計(jì)完成采樣29386人,完成檢測12973人,核酸檢測結(jié)果陰性。
通過張貼公告、上門詢問、電話微信聯(lián)系等多種方式,排查5月30日以來曾去過新發(fā)地農(nóng)產(chǎn)品批發(fā)市場的人員近20萬,正在以社區(qū)為單位就近安排核酸檢測,并進(jìn)行居家觀察。

參考文獻(xiàn):
[1]Forster, P., Forster, L., Renfrew, C., & Forster, M. (2020). Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences, 202004999. doi:10.1073/pnas.2004999117
[2]Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL et al: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 2020
[3]http://www.huangshujia.me/2017/08/04/2017-08-04-Begining-WGS-Data-Analysis-Sequecing-Tech.html
[4]中國疾病預(yù)防控制中心新型冠狀病毒肺炎應(yīng)急響應(yīng)機(jī)制流行病學(xué)組. 新型冠狀病毒肺炎流行病學(xué)特征分析[J]. 中華流行病學(xué)雜志, 2020, 41(2): 145-151
[5]Jerome R. Lechien.et al.Clinical and Epidemiological Characteristics of 1,420 European Patients with mild‐to‐moderate Coronavirus Disease 2019.J INTERN MED. 2020 . https://doi.org/10.1111/joim.13089
來源:醫(yī)學(xué)界呼吸頻道
作者:酸菜
校對(duì):臧恒佳
責(zé)編:鄭華菊
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