研究首次對(duì)新冠病毒6大毒株進(jìn)行跟蹤分析:G株占主導(dǎo),L型和V型正在逐漸消失
科學(xué)家們目前已經(jīng)從新冠病毒中分離出至少6個(gè)不同的毒株。他們表示,盡管病毒發(fā)生了變異,但幾乎沒(méi)有變化,這對(duì)正在研制可行疫苗的研究人員來(lái)說(shuō)是個(gè)好消息。

這些是對(duì)新冠病毒測(cè)序進(jìn)行的最廣泛的研究的結(jié)果。博洛尼亞大學(xué)(the University of Bologna)的研究人員對(duì)48,635個(gè)病毒基因組進(jìn)行了分析,這些基因組是由世界各地實(shí)驗(yàn)室的研究人員分離出來(lái)的。這項(xiàng)研究發(fā)表在《微生物學(xué)前沿》(Frontiers in Microbiology)雜志上,題為“Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutations”。

在這些基礎(chǔ)上,研究人員就有可能繪制出病毒傳播到各大洲期間發(fā)生的傳播和變異。初步結(jié)果令人鼓舞:新冠病毒幾乎沒(méi)有變化,每個(gè)樣本大約有7個(gè)突變。普通流感的變異性率則達(dá)到了新冠病毒變異率的兩倍多。
“新冠病毒可能已經(jīng)優(yōu)化到可以影響人類,這就解釋了它的低進(jìn)化變化,”尤尼博研究員、這項(xiàng)研究的協(xié)調(diào)員費(fèi)德里科·喬吉(Federico Giorgi)解釋說(shuō):“這意味著我們正在開(kāi)發(fā)的治療方法——包括疫苗,可能對(duì)所有的病毒毒株都有效。”
目前,新冠病毒共有六種毒株。最早的是L型菌株,于2019年12月在武漢出現(xiàn)。它的第一個(gè)突變株S株出現(xiàn)在2020年初。而從2020年1月中旬開(kāi)始,我們已經(jīng)有了V株和G株。到目前為止,G株是最廣泛的:它在2020年2月底突變?yōu)镚R株和GH株。
“到目前為止,G株及其相關(guān)的GR和GH株傳播最廣,占我們分析的所有基因序列的74%,”Giorgi說(shuō)。“他們出現(xiàn)了四種突變,其中兩種能夠改變病毒的RNA聚合酶和刺突蛋白的序列。這一特征可能促進(jìn)了病毒的傳播。”

如果我們看看冠狀病毒分布圖,就會(huì)發(fā)現(xiàn)菌株G和GR在歐洲和意大利最常見(jiàn)。根據(jù)現(xiàn)有的數(shù)據(jù),生長(zhǎng)突變?cè)谝獯罄麕缀醪淮嬖?,而在法?guó)和德國(guó)出現(xiàn)的頻率更高。這似乎證實(shí)了上個(gè)月采取的控制措施的有效性。
在北美,最廣泛的毒株是GH;而在南美洲,GR毒株更常見(jiàn)。在武漢L菌株最初出現(xiàn)的亞洲地區(qū),G、GH和GR的傳播呈上升趨勢(shì)。這些病毒在歐洲傳播一個(gè)多月后,于3月初才登陸亞洲。
從全球范圍來(lái)看,菌株G、GH和GR不斷增加。在美國(guó)和西班牙的一些限制地區(qū)可以發(fā)現(xiàn)S菌株。而L型和V型菌株正在逐漸消失。

除了這6種主要的新冠病毒毒株之外,研究人員還發(fā)現(xiàn)了一些不常見(jiàn)的突變,這些突變目前并不令人擔(dān)憂,但仍應(yīng)加以監(jiān)測(cè)。
具體而言,在測(cè)序完整病毒基因組數(shù)量最高的前40個(gè)國(guó)家中(圖1C),與世界平均水平相比,以下國(guó)家的每個(gè)樣本中觀察到的突變數(shù)量略有但明顯更高:印度(8.40),剛果(8.30),孟加拉國(guó)(9.83)和哈薩克斯坦(9.47)。另一方面,來(lái)自以下國(guó)家或地區(qū)的序列顯示出較低的突變負(fù)擔(dān):德國(guó)(6.09),日本(4.55),意大利(5.92),希臘(5.91),中國(guó)香港(5.00)和肯尼亞(5.38)。必須注意的一點(diǎn)是,一些抽樣偏差可能會(huì)影響這一比較:例如,一些國(guó)家在大流行的早期階段產(chǎn)生了最高數(shù)量的序列(如意大利),因此可能只觀察到了較少的突變。

圖1:(A)所有SARS-CoV-2基因組樣本的突變事件數(shù)量分布。(B)每個(gè)樣本的突變數(shù)分布,按大陸劃分。(C)標(biāo)志了在全國(guó)范圍內(nèi)進(jìn)行分層,使用40個(gè)測(cè)序基因組最多的國(guó)家。
“罕見(jiàn)的基因組突變不到全部測(cè)序基因組的1%,”Giorgi證實(shí)。“然而,我們對(duì)它們進(jìn)行研究和分析是最基本的,這樣我們就可以確定它們的功能并監(jiān)測(cè)它們的傳播。所有國(guó)家都應(yīng)該通過(guò)提供有關(guān)病毒基因組序列的數(shù)據(jù),為這一領(lǐng)域做出貢獻(xiàn)。”
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